Bilbao Lufthavn betjenes af én terminal, som er rummelig og meget velindrettet. Afstandene er små, og du kan ikke gå mere end 150 meter fra terminalindgangen til flyet.
Stueetagen er afsat til ankomster, mens 1. sal huser check-in-skrankerne og den eneste sikkerhedskontrol.
Transitområdet deles af alle fly. Paskontrollen, bag hvilken afgangsgates for ikke-Schengen-fly ligger, er placeret efter sikkerhedskontrollen nær gate B15.
Et interaktivt kort over alle terminaler kan findes på lufthavnens officielle hjemmeside: www.aena.es/en
