Chania bruger en enkelt mindre, moderne terminal, som er meget nem at navigere i. Afstandene til flyene er korte, men forvent større menneskemængder i sommersæsonen på et relativt lille område.
Check-in for fly ind og ud af Schengen-området foregår i en fælles lobby. Fordelingen sker efter den fælles sikkerhedskontrol, hvor nogle gates ligger efter paskontrollen, mens andre ikke gør.
Afgangs- og ankomsthallerne ligger i stueetagen.
Lufthavnen lukker mellem sidste og første ankomst, og åbningstiden er normalt 4:00 til 0:00.
