Lufthavnen, der officielt er opkaldt efter Nikos Kazantzakis, er den største på Kreta. I sommersæsonen bruges den af mange charterfly, mens den resten af tiden hovedsageligt bruges af fly fra Athen og andre græske byer.

Heraklions lufthavn er ved første øjekast ret gammeldags, og komforten er ikke meget i tråd med den nuværende drift.

I 2017 blev der truffet en endelig beslutning om at bygge en ny moderne lufthavn, og færdiggørelsesdatoen bliver hele tiden udskudt og forventes i øjeblikket at åbne i slutningen af 2026/begyndelsen af 2027.

Alternativt kan Chania lufthavn bruges til rejser til det vestlige Kreta.

Fra april til oktober er lufthavnen vært for mange flyselskaber fra hele Europa med rute- og charterfly til alle hjørner af kontinentet.

De mest omfattende rutenetværk fra Heraklion betjenes af følgende flyselskaber:

• Aegean Airlines: helårsforbindelse flere gange dagligt til Athen + sæsonbestemte direkte sommerflyvninger til hele Europa
• Sky Express: året rundt til Athen, Thessaloniki og andre græske øer + direkte flyvninger til hele Europa om sommeren.
• Jet2.com: den hyppigste forbindelse til mange britiske byer
• Eurowings: flyvninger til mange tyske byer
• Volotea: direkte flyvninger til Athen, Italien og Frankrig
• TUI: omfattende forbindelser til Storbritannien, Holland, Belgien og Tyskland
• easyJet: flyvninger til flere britiske byer, Frankrig og Schweiz
• Wizz Air: ruteflyvninger til Østeuropa
• Ryanair: relativt begrænset antal flyvninger sammenlignet med andre, f.eks. til Bergamo, Wien, Berlin eller Bruxelles