På trods af sin lille størrelse har Kaohsiung Lufthavn to terminaler. Bygningerne ligger ca. 250 meter fra hinanden, og man kan kun bevæge sig mellem dem via det udendørs offentlige område på en godt markeret gangbro.
- Indenrigs - håndterer kun flyvninger inden for Taiwan, dvs. til Taiwan Island og de mindre øer Penghu, Kinmen, Matsu (Beigan og Nangan), Qimei, Wang-an.
- International - håndterer alle flyvninger uden for Taiwan, herunder flyvninger til det kinesiske fastland, Hong Kong og Macau.
Åbningstiderne for begge terminaler er 5:00-23:00.
Begge terminaler er moderniserede og bekvemme for passagererne. Indenfor er der masser af siddepladser, herunder komfortable lænestole med skuffer.
Skiltningen er meget tydelig og altid på kinesisk og engelsk.
Immigrationskontrol
Når du ankommer fra en international destination, skal du igennem paskontrollen i den internationale terminal. Køen er normalt på 5 til 20 minutter.
Før afgang skal du også igennem paskontrol, men køerne er normalt meget kortere og kan være op til 5 minutter.
Transfer mellem flyvninger
Hvis du checker ind til det næste fly, og din bagage skal til din endelige destination (eller du kun rejser med håndbagage), behøver du i nogle tilfælde ikke at forlade transitområdet.
- Indenrigs <-> Indenrigs - ingen kontrol, ingen grund til at forlade transitområdet, transfer tager normalt op til 10 minutter.
- International <-> International - sikkerhedskontrol, men du behøver ikke at forlade transitområdet, transfer tager normalt op til 15 minutter.
- International <-> Indenrigs - du skal igennem immigrations- og sikkerhedskontrol og altid forlade transitområdet, transfer tager normalt op til 45 minutter